Sejak awal berdirinya, UMT telah mengutamakan pendidikan yang berbasis pada nilai-nilai Islam dan Muhammadiyah. Hal ini tidak terlepas dari visi dan misi universitas yang ingin mencetak generasi yang berakhlak mulia dan berjiwa kepemimpinan sesuai dengan ajaran Islam.
Salah satu ciri khas UMT adalah adanya mata kuliah agama Islam yang wajib diambil oleh seluruh mahasiswa. Hal ini bertujuan agar mahasiswa tidak hanya berkembang dalam hal akademis, tetapi juga dalam spiritualitas dan keimanan. Menurut Dr. H. Haedar Nashir, Ketua Umum Pimpinan Pusat Muhammadiyah, “Pendidikan yang berbasis nilai-nilai Islam dan Muhammadiyah akan membentuk insan yang berilmu, berakhlak, dan beramal shaleh.”
Selain itu, kegiatan-kegiatan keagamaan juga menjadi bagian integral dari kehidupan kampus UMT. Mulai dari shalat berjamaah, pengajian, hingga kegiatan-kegiatan sosial keagamaan lainnya menjadi rutinitas yang tidak terpisahkan dari aktivitas sehari-hari di UMT. Menurut Prof. Dr. Din Syamsuddin, Ketua Umum PP Muhammadiyah periode 2005-2015, “Pendidikan yang berbasis Islam dan Muhammadiyah bukan hanya tentang mengaji Al-Quran atau menunaikan ibadah, tetapi juga tentang bagaimana menjadikan Islam sebagai pedoman dalam segala aspek kehidupan.”
Dengan mengutamakan pendidikan yang berbasis pada nilai-nilai Islam dan Muhammadiyah, UMT diharapkan mampu mencetak generasi yang tidak hanya cerdas secara intelektual, tetapi juga memiliki kepekaan sosial, moral, dan spiritual yang tinggi. Sehingga, lulusan UMT diharapkan dapat menjadi agen perubahan yang membawa manfaat bagi masyarakat dan bangsa sesuai dengan ajaran Islam dan Muhammadiyah.